Belgesel çekmek üzere Amazon Nehri'nde bulunan eski bir Kızılderili kabilesini bulmaya çalışan yönetmen Terri Flores, kameraman Danny Rich ve profesör Steven Cale, yolda kalmış bir yılan avcısı olan Paul Sarone ile karşılaşırlar. Paul'un kabileyi bulma konusunda yardımı dokunacağını düşünen ekip, avcıya yardım etmeye karar verir. Yolculukları devam ederken zehirli bir arı tarafından sokulan Cale, bilincini yitirir. Profesörün bilincini yitirmesini fırsat bilen Paul Sarone, ekibin ve teknenin yönetimini ele geçirir. Ekip belgesel çekmeye ara verip Paul'ün hayatının amacına ulaşmasına yardım etmek zorunda kalır: Yıllardır izini sürdüğü meşhur yeşil Anaconda'yı yakalamak.